В gcc 5.3 сломали бинарную совместимость с clang (и всеми прочими компиляторами) :(

В "фиче" виноваты разработчики gcc: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/llvm-toolchain-3.6/+bug/1488254

По мотивам бага есть бага в трекере clang, где его авторы пытаются вернуть поддержку совместимости: http://reviews.llvm.org/D12834

А пока же попытка слинковатся силами clang с библиотекой (с поддержкой С++11), собранной силами gcc 5.3 обречена на провал.

Ошибочки будут вот такие:

/root/fastnetmon/src/fastnetmon.pb.cc:(.text+0x16e6): undefined reference to `google::protobuf::internal::empty_string_'